Την ίδρυση Τμήματος Ισλαμικών Σπουδών στη Φιλοσοφική ή την Παιδαγωγική Σχολή του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, είτε στο Πανεπιστήμιο της Κομοτηνής, αντί της λειτουργίας της «Εισαγωγικής Κατεύθυνσης Μουσουλμανικών Σπουδών», εντός του Τμήματος Θεολογίας του ΑΠΘ, πρότεινε, ο μητροπολίτης Θεσσαλονίκης Άνθιμος, επισημαίνοντας ότι στο πλαίσιο αμοιβαιότητας θα πρέπει ως «ανταλλαγή» να επαναλειτουργήσει και η Θεολογική Σχολή της Χάλκης.